Shulchan Aruch O.C. 467:8:
והמנהג במדינות אלו שלא לאכול כרכום שקורין זפרי”ן או נעגלי”ך (מהרי”ל), מיהו אינן אוסרין תערובתן וכן נראה לי.
Mishna Berurah 467:34:
או נעגעלי”ך, מפני ששורין אותן במי שעורין קודם שמייבשין אותן [ד”מ].
This is no longer the case, yet the “Minhag” remains. Of course, we aren’t Chazal, so unless there is a reason to assume this may recur (שמא יחזור הדבר לקלקולו), this is no custom at all.
There is a huge difference between stringency based on a distant (or very distant) concern, to a custom based on what others did under different conditions.