I assume not; he wasn’t against Kabbalah (and see this). To answer for certain, however, I would need to grasp what the Egyptians said, which will take forever…
Quoting Rabbi Hirsch’s Torah commentary:
ויחנטו –
יש לנו כאן ניגוד מעניין בין ההשקפה המצרית – כפי שבאה לידי ביטוי בחניטה – לבין ההשקפה היהודית. יש לעמוד על ניגודים שכאלה בכל פעם שהם מופיעים, ולהבליט אותם במיוחד בויכוח עם הכופרים במוצאה האלקי של התורה, הרואים את ״יצירתו של משה״ כפרי ״גאונותו״ גרידא, אשר ״נשאבה מחכמת כמרי מצרים״.
כמה בולט הוא הניגוד המתגלה כאן! המצרי היה חונט את הגוף כדי שיתקיימו ייחודו ועצמיותו. אבל הנשמה, לדעתו, אינה נשארת בייחודה האישי, אלא נודדת מגוף לגוף – לרבות גופי בעלי חיים – תוך שינויי צורה מרובים. אך היהודי מאמין שהנשמה מתקיימת לעולם, ואילו הגוף נודד. לאחר שהנשמה נאספת אל עמיה, אין לגוף דבר יותר עם האיש; אלא מצוה היא להביא את הגוף מהר ככל האפשר במגע קרוב עם האדמה הפועלת שהוא יירקב (עיין סנהדרין מו:). הגוף חוזר לעפר, ועובר דרך כל שינויי הצורה של החומר הארצי. המצרי האמין בנדודי נשמות [תוך שינוי צורתן], והשתדל לשמור על הגוף מכל אפשרות של שינוי. אך היהודי מאמין במציאות אישית ונצחית של הנשמה, ומוסר את הגוף לשינוי ארצי.
ושמא דווקא מטעם זה הדגיש יעקב במצרים: ״אני נאסף אל עמי קברו אתי״ וגו׳ (לעיל מט, כט), כפי שציינו לעיל. אולי היה זה דווקא החסרון באמונה בייחודה ועצמיותה הקיימת של הנשמה, אשר הביא למנהג חניטת גופות ולבניין פירמידות עצומות למשכנות המתים. מאחר והאמינו שהנשמה נודדת [תוך שינויי צורה], הם רצו לשמור לפחות את הגוף.
חניטה לא הייתה מנהג יהודי, אך כאן היה על יוסף לקחת בחשבון את מנהג המצרים. אילו נמנע מלחנוט את אביו, היו המצרים רואים בזה חוסר יראת כבוד כלפי אביו. ואפשר עוד שמשום כך השביע יעקב את יוסף שלא לקוברו במצרים, כפי שהעירו חז״ל (בראשית רבה צו, ה), כדי שלא יעשו המצרים את גופו לעבודה זרה. שהרי בסופו של דבר, שמירת החנוטים שהייתה נהוגה במצרים הייתה לשם עבודה זרה.